Prostor današnje občine Hajdina je bil naseljen v vseh arheoloških obdobjih. Kamnita orodja iz mlajše kamene dobe so najstarejše najdbe, prve naselbine so iz bakrene dobe. Poselitev se je nadaljevala v bronasti dobi, iz katere so grobovi iz kulture žarnih grobišč. Naselbine z grobovi in gomilami so še iz železne, halštatske dobe (8. do 6. stoletje pred našim štetjem).

Znana je tudi naselbina z istodobnim grobiščem iz mlajše železne dobe. Okoli leta 15 so na to območje prišli Rimljani, ki so ob jantarni poti zgradili vojaški tabor legije 8 Avguste, ki ga v povezavi z izvolitvijo Vespazijana za cesarja leta 69 v pisnih virih prvič omenja rimski zgodovinar Tacit in do katerega je bil speljan vodovod legije 13 Dvojne. V mestnem predelu rimske Petovione, v poslovno-svetiščni četrti vicus Fortunae, so stali ilirska carina in svetišča, med njimi I. in II. mitrej ter svetišče Nutric. V zgodnjekrščanski cerkvi je deloval škof Viktorin Ptujski (konec 3. stoletja). Rimska grobišča so bila vzdolž sedanje ceste proti Pragerskemu. Iz zgodnjesrednjeveškega obdobja je grobišče, kamor so pokopavali še v 10. stoletju.

Hajdina je bila v srednjeveških listinah prvič omenjena leta 1164. Leta 1202 je že bila razdeljena na salzburško Spodnjo in deželnoknežjo Zgornjo Hajdino z dvorom in cerkvijo. Gospoščinski urad z dvorom se omenja tudi v 16. in 17. stoletju, vendar o njem danes ni več sledu. V začetku 19. stoletja je imel trg Hajdina 86 hiš s 399 prebivalci, ob koncu 19. stoletja pa 123 hiš s 635 prebivalci ter dva živinska sejma, ki sta potekala 1. maja in 30. avgusta. Prebivalstvo se je preživljalo s poljedelstvom, živinorejo in čebelarstvom.

Po letu 1850, ko so bile ustanovljene občine, je imela občina Hajdina sedež na Zgornji Hajdini. Samostojna občina je bila do leta 1952, od tedaj do leta 1999 pa del občine Ptuj. V Republiki Sloveniji je od leta 1999 ponovno samostojna občina. Sestavlja jo sedem naselij, vsa so ruralno urbanizirana. Prevladujejo mešana in nekmečka gospodinjstva. Gospodarsko spada med srednje razvite. Številna društva skrbijo za družabnost občanov ter za ohranjanje in predstavljanje naravne in kulturne dediščine tega območja.